在少年时光中，朱耐根跟随祖父居住于北京，那里的皮黄艺术深深吸引了他。他得到了谭鑫培的真传，并将此技艺带入上海、杭州、汉口和常州等地，以票友的身份进行义务演出。与王君直齐名，他们共同被誉为“南朱北王”。著名票友陈小田在其著作《京剧音韵概论》中提及谭派巨匠，朱耐根荣登其中。苏少卿在《剧评》中赞叹朱氏的声音“如浮云遮月”，媲美小余，其传唱区区苍劲，更是炉火纯青。

朱耐根进入中年后，他以票友的身份定居上海，在那里，他被尊称为“耐二爷”并被视为票界中的宗师。他的声腔专长于谭派唱腔，他曾在扬州和常州教授这一艺术形式。在宝应，票友们如居佑申和郭季良与他结拜，并经常切磋技艺，从而受益匪浅。宝应地区对京剧的研究者众多，这也归功于朱氏对他们所产生的影响。而且，朱耐根夫人魏雅兰也是一个资深的票友。

他的唱腔曾由高亭和百代两家公司灌制成三张唱片，《法场换子》、《梅龙镇》（与夫人合作）和《探母回令》（与陈小田合作）。由于这些唱片是基于谭鑫培没有录制过的一种声音，因此成为研究谭派声乐艺术不可多得的珍贵资料（现在这三张唱片保存在上海图书馆）。