在少年时期，朱耐根跟随祖父居住在北京，那里他深深爱上了京剧文化，并得到了谭鑫培的真传。随后，他以票友的身份，在上海、杭州、汉口和常州等地进行了义务性的演出。他的名字与另一位票友王君直并称，有“南朱北王”的美誉。在京剧界人士陈小田所著的《京剧音韵概论》中，朱耐根被列为谭派的一位知名人物。

苏少卿曾经在《剧评》中高度赞扬了朱耐根的声音：“如浮云遮月”，其声音之佳，媲美于小余，更是技艺炉火纯青。他成年后，以票友身份生活在上海，被人们尊称为“耐二爷”，并视为票界中的宗师。朱耐根精通谭派唱腔，他曾经在扬州和常州教授这门艺术，并结拜于宝应地区的票友们，如佑申和郭季良，他们对他的技艺有着无尽的敬仰。

由于受到他的影响，宝应地区对于学习京剧的人数众多。甚至他的夫人魏雅兰也是一个票友。她与丈夫共同参与了许多表演，使得他们夫妇俩成为了京剧界不可多得的一对才子佳人。朱耐根还录制了三张唱片，其中包括《法场换子》、《梅龙镇》（与夫人合作）以及《探母回令》（与陈小田合作）。这些唱片因为没有谭鑫培自己的录音，所以成为研究谭派声腔艺术极为珍贵的资料（现在这些唱片可以找到是在上海图书馆）。