在少年时光中，朱耐根跟随祖父居住于北京，那里的皮黄艺术深深吸引了他。他得到了谭鑫培的真传，并将此技艺带入上海、杭州、汉口和常州等地，以票友的身份进行义务演出。与王君直齐名，他被誉为“南朱北王”。著名京剧评论家陈小田在其著作《京剧音韵概论》中提及谭派的杰出人物之一，朱耐根名列其中。苏少卿曾在《剧评》中赞扬朱氏的声音“如浮云遮月”，并称其唱腔媲美小余，在传授声腔方面更加精湛。

随着年华的流逝，朱耐根以票友身份定居上海，被当地票友尊称为“耐二爷”，并视为票界的一位宗师。他擅长谭派唱腔，并在扬州和常州教授这门艺术。宝应地区多位票友，如佑申和郭季良，与他结拜，对他的技艺表示敬意，并从他那里学习到许多有价值的地方知识。此外，朱耐根夫人魏雅兰也是一个投身于京剧艺术的人。

三张由高亭和百代公司发行的唱片收录了他的独特声音，其中包括《法场换子》、《梅龙镇》（与夫人合作）以及《探母回令》（与陈小田合作）。由于谭鑫培也未录制过这些歌曲，这些唱片成为了研究谭派声乐艺术不可或缺的资料（现在保存在上海图书馆）。