在少年时光中，朱耐根跟随祖父居住于北京，那里的皮黄艺术深深吸引了他。他得到了谭鑫培的真传，并将此技艺带入上海、杭州、汉口和常州等地，以票友的身份进行义务演出。与王君直齐名，他被誉为“南朱北王”。著名京剧评论家陈小田在其著作《京剧音韵概论》中提及谭派的杰出人物之一，朱耐根是其中之一。苏少卿曾在《剧评》上赞扬朱氏的声音“如浮云遮月”，媲美小余，更是声腔技巧炉火纯青。

随着年岁的增长，朱耐根以票友身份定居上海，在那里，他被尊称为“耐二爷”并被视为票界中的宗师。他精通谭派唱腔，并在扬州和常州教授这门艺术。宝应地区的票友们，如佑申和郭季良，与他结拜并经常切磋技艺，他们对他的教诲怀有深厚的敬意。在后来，宝应地区学者们对京剧产生了浓厚兴趣，这无疑受益于朱氏留下的影响。而且，他夫人魏雅兰也是一个熟悉京剧艺术的人。

朱耐根的一些唱片由高亭和百代两家公司灌制，其中包括《法场换子》、《梅龙镇》（与夫人合作）以及《探母回令》（与陈小田合作）。由于这些唱片是谭鑫培没有录制过的声音资料，它们成为研究谭派声音艺术宝贵资料至今仍存放在上海图书馆。