在少年时期，朱耐根跟随祖父居住在北京，那里他深深爱上了京剧，并得到了谭鑫培的真传。后来，他以票友的身份，在上海、杭州、汉口和常州等地进行义务表演，与另一位票友王君直齐名，有“南朱北王”的美称。在京剧界人士陈小田所著的《京剧音韵概论》中，朱耐根被列为谭派中的重要人物之一。

苏少卿在他的文章《剧评》中，对朱耐根的声音艺术赞不绝口，他说：“如浮云遮月”，“媲美小余，其传音区区苍劲，更是炉火纯青。”朱耐根中年之后，以票友的身份生活在上海，当时人们尊称他为“耐二爷”，并将他视为票界的宗师。他精通谭派唱腔，并曾经在扬州和常州教授过。与他有结拜之谊的人，如宝应票友居佑申和郭季良，都曾经与他切磋技艺，并从他的教益中受益匪浅。后来，宝应地区对京剧的研究兴起，也得益于朱耐根对其影响。而且，朱耐根的夫人魏雅兰也是一个知名的票友。

朱耐根留下了一些珍贵的声音资料，其中包括三张由高亭和百代公司制作的唱片。这三张唱片收录了《法场换子》、《梅龙镇》（与夫人合作）和《探母回令》（与陈小田合作）。由于这些唱片是在谭鑫培没有灌录之前制作出来，因此它们成为了研究谭派声腔艺术不可多得的一份宝贵资料（现存上海图书馆）。