在少年时光中，朱耐根跟随祖父居住在北京，那里的皮黄艺术深深吸引了他。他得到了谭鑫培的真传，并将此技艺带入上海、杭州、汉口和常州等地，以票友的身份进行义务演出。与王君直齐名，他被誉为“南朱北王”。著名票友陈小田在其著作《京剧音韵概论》中提及的谭派巨匠之一，朱耐根就是其中一个。在苏少卿的《剧评》中，他对朱氏的声音赞誉有佳：“如浮云遮月”，“媲美小余，其传音区区苍劲，更是炉火纯青”。

随着年华的流逝，朱耐根以票友之姿定居于上海，在当地乃至整个票界，被尊称为“耐二爷”并被视为宗师。他的唱腔专精于谭派，他曾经在扬州和常州教授这门艺术，与宝应地区的一些票友，如佑申和郭季良结拜，共同探讨技艺，并受益匪浅。后来宝应地区对京剧产生了更大的兴趣，这无疑是受到朱氏影响的一个体现。而且，朱耐根的夫人魏雅兰也是位知名的票友。

他的唱腔录音由高亭和百代两家公司制作成三张唱片，其中包括《法场换子》，以及与夫人合作的《梅龙镇》，还有与陈小田合作的大型戏曲作品《探母回令》。由于这些唱片中的声音都非常接近谭鑫培本人，没有他灌制过，这些成为研究谭派声乐艺术不可多得的一份珍贵资料（现在已经存放在上海图书馆）。