在少年时光中，朱耐根跟随祖父居住于北京，他对皮黄腔的热爱深远，并得到了谭鑫培的真传。随后，作为一名票友，他在上海、杭州、汉口和常州等地进行了无偿表演，与另一位票友王君直并称“南朱北王”。著名票友陈小田在其著作《京剧音韵概论》中提及的谭派巨匠之一，朱耐根就列入其中。苏少卿曾在《剧评》中赞扬朱氏的声音“如浮云遮月”，与小余相比，更是技艺高超。

随着年龄的增长，朱耐根以票友身份定居上海，在当地被尊称为“耐二爷”，并被视为票界的一位宗师。他精通谭派唱腔，并曾在扬州和常州传授技艺。宝应地区的票友，如居佑申和郭季良，与他结拜有交情，他们经常互相切磋技艺，对他的教导怀有深厚的情感。甚至到今天，在宝应地区学习京剧的人很多，这也可以说是受到朱氏影响的一个方面。此外，朱耐根夫人魏雅兰也是一个知名的票友。

三张由高亭、高声百代两公司发行的唱片，其中包括《法场换子》、《梅龙镇》（与夫人合演）以及《探母回令》（与陈小田合作），这些唱片不仅保留了谭鑫培未能灌录的声音，还成为研究谭派声腔艺术不可多得的珍贵资料（现在这几张唱片保存在上海图书馆）。