在少年时光中，朱耐根跟随祖父居住在北京，他对皮黄腔的热爱深远，并有幸接受了谭鑫培的真传。在成为一名票友后，他自愿在上海、杭州、汉口和常州等地进行义务表演，与另一位知名票友王君直并称“南朱北王”。著名的京剧音韵学者陈小田将朱耐根列为谭派重要人物。苏少卿在《剧评》上赞扬了朱氏的声音“如浮云遮月”，其传统唱腔技艺更是炉火纯青。

随着年龄的增长，朱耐根以票友身份定居上海，在当地被尊称为“耐二爷”，并被视为票界中的宗师。他精通谭派唱腔，并曾在扬州和常州教授学生。与他结拜的宝应票友，如佑申和郭季良，对他的技艺表示敬佩，并从他那里学习到了很多。由于受到他的影响，宝应地区对于京剧艺术研究的人数众多。而且，朱耐根夫人魏雅兰也是一个熟练的票友。

朱耐根留下的唱腔录音，是由高亭和百代两家公司灌制成三张唱片，其中包括《法场换子》、《梅龙镇》（与夫人合作）以及《探母回令》（与陈小田合作）。由于这些作品没有谭鑫培本人的录音，因此成为了研究谭派声乐艺术珍贵资源（现存于上海图书馆）。