在少年时光中，朱耐根跟随祖父居住在北京，他对皮黄腔的热爱深远，并得到了谭鑫培的真传。随后，朱耐根以票友的身份，在上海、杭州、汉口和常州等地进行了义务性的演出。他与另一位票友王君直齐名，被誉为“南朱北王”。著名票友陈小田在其著作《京剧音韵概论》中提到过谭派中的杰出人物，朱耐根就是其中之一。苏少卿在《剧评》中赞扬了朱氏的声音“如浮云遮月”，并称其唱腔媲美小余，更是技艺炉火纯青。

当年轻时期过去之后，朱耐根以票友身份定居于上海，那里的票界将他尊称为“耐二爷”，并视之为票界的宗师。他精通谭派唱腔，并曾经在扬州和常州教授学生。在宝应地区，有些票友，如佑申和季良，与朱氏结拜，他们经常与他切磋技艺，从而接受了他的教益。后来，在宝应学习京剧的人数颇多，这也归功于朱氏对他们影响。而且，朱耐根的夫人魏雅兰也是一个知名的票友。

值得一提的是，朱耐根曾参与高亭和百代两家公司制作三张唱片，其中包括《法场换子》、《梅龙镇》（与夫人合作）以及《探母回令》（与陈小田合作）。由于这三张唱片是由谭鑫培未灌制过的声音，因此成为研究谭派声腔艺术珍贵资料（这些唱片现在保存在上海图书馆）。