在少年时光中，朱耐根跟随祖父居住在北京，他对皮黄腔的热爱深远，并得到了谭鑫培的真传。随后，朱耐根以票友的身份，在上海、杭州、汉口和常州等地进行了义务性的演出。他与另一位票友王君直齐名，被誉为“南朱北王”。著名票友陈小田在其著作《京剧音韵概论》中提到过谭派中的杰出人物，其中就包括了朱耐根。

苏少卿在《剧评》中赞扬了朱氏的声音“如浮云遮月”，与小余相比，更显得苍劲有力，是炉火纯青的技艺。在中年之后，朱耐根继续以票友身份生活在上海，那里的票界尊称他为“耐二爷”，并视他为票界的宗师。朱氏精通谭派唱腔，并曾经在扬州和常州教授学生。他结拜于宝应票友居佑申和郭季良等人，与他们切磋技艺，一直得到他们的大力肯定。后来，宝应地区学习京剧的人数很多，这是因为受到了朱氏影响。他的夫人魏雅兰也是一个知名的票友。

三张由高亭和百代公司灌制的唱片，以《法场换子》、《梅龙镇》（与夫人合作）和《探母回令》（与陈小田合作）为内容，这些唱片由于没有谭鑫培灌制，因此成为研究谭派声腔艺术不可多得的一份珍贵资料（现在这三张唱片保存于上海图书馆）。