在少年时光中，朱耐根跟随祖父居住在北京，他对皮黄腔的热爱深远，并得到了谭鑫培的真传。随后，他以票友的身份，在上海、杭州、汉口和常州等地进行了义务性的演出，与另一位票友王君齐名，被誉为“南朱北王”。著名票友陈小田在其著作《京剧音韵概论》中提及谭派的杰出人物，朱耐根就列入其中。苏少卿在《剧评》一文中赞扬了朱氏的声音和腔调：“如浮云遮月”，与小余相媲美，而他的传唱技巧更加精湛，“炉火纯青”。

随着年岁的增长，朱耐根作为票友定居于上海，那里的人们尊称他为“耐二爷”，并将他视为票界中的宗师。他擅长谭派唱腔，并曾经在扬州和常州教授艺术。与他结拜的宝应票友，如佑申和郭季良，不断向他请教技艺，并深受其教诲影响。在宝应地区学习京剧的人数众多，这也归功于朱氏的影响力。值得一提的是，朱耐根夫人魏雅兰也是一个知名的票友。

三张由高亭和百代公司发行的小碟片收录了他的唱腔，其中包括《法场换子》、《梅龙镇》（与妻子合作）以及《探母回令》（与陈小田合作）。由于这些作品是根据谭鑫培没有录制过的声音来创作，因此成为了研究谭派声乐艺术珍贵资料（这些旧唱片现存上海图书馆）。