少年时，朱耐根跟随祖父在北京生活，热爱京剧，并得到了谭鑫培的真传。后来，他以票友的身份，在上海、杭州、汉口、常州等地都曾免费表演。他与另一位票友王君直一起非常有名，被称为“南朱北王”。著名的票友陈小田在他的书《京剧音韵概论》中提到过谭派的明星，朱耐根就是其中之一。苏少卿赞扬朱耐根的声音“如浮云遮月”，比起小余还要好，“其传音区区苍劲，更是炉火纯青”。

中年之后，朱耐根继续以票友的身份生活在上海，那时候上海的票友界把他尊称为“耐二爷”，并且看作是他们圈子里的宗师。他精通谭派唱腔，还曾去扬州和常州传授技艺。在那里，他结拜了宝应地区的一些票友，如居佑申和郭季良，他们经常和他切磋技艺，并深受他的教导。后来，在宝应地区学习京剧的人很多，这也是因为受到朱耐根影响。

朱耐根夫人魏雅兰也是一位票友。而他的唱腔曾被高亭和百代两家公司录制成三张唱片，《法场换子》、《梅龙镇》（这次是他和夫人合作）以及《探母回令》（这次是他和陈小田合作）。由于谭鑫培没有录制过，所以这些唱片成了研究谭派声腔艺术不可多得的珍贵资料（现在这几张唱片保存在上海图书馆）。