在少年时光中，朱耐根跟随祖父居住于北京，他对皮黄腔的热爱深远，并得到了谭鑫培的真传。随后，朱耐根以票友的身份，在上海、杭州、汉口和常州等地进行了义务性的演出。他与另一位票友王君直齐名，被誉为“南朱北王”。著名票友陈小田在其著作《京剧音韵概论》中提到过谭派中的杰出人物，朱耐根也被列入其中。苏少卿在《剧评》上曾赞扬过朱氏的声音，“如浮云遮月”，其唱腔媲美小余，更是技艺炉火纯青。

随着年龄的增长，朱耐根选择以票友身份生活在上海，那里的票界将他尊称为“耐二爷”，并视他为宗师。在他的精通谭派唱腔下，他曾经在扬州和常州传授技艺，与宝应票友居佑申和郭季良等人结拜，以此切磋技艺，他们都受益匪浅。后来，有许多宝应的人研究京剧，这也可以归功于朱氏对他们影响。值得一提的是，朱耐根夫人魏雅兰也是一个票友。

三张由高亭和百代公司制作的唱片，是记载了他的唱腔，其中包括《法场换子》、《梅龙镇》（与夫人合作）和《探母回令》（与陈小田合作）。由于这些唱片是基于谭鑫培没有灌制过的，因此对于研究谭派声腔艺术来说，它们是一个不可多得的珍贵资源（现存于上海图书馆）。